상장회사 주식업무 실무가이드
  • 제목6. 주식보유관련 세무

가. 과점주주 등의 2차납세의무
(1) 과점주주
과점주주라 함은 주주명부 등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식금액 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말함(국세기본법(이하 ‘국기법’이라 함) 제39조 제2항, 지방세법(이하 ‘지법’이라 함) 제22조 제2항).
(2) 제2차납세의무
(가) 국세기본법상 제2차납세의무
법인(거래소 상장법인 제외)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금ㆍ체납처분비에 충당하여도 징수할 금액이 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 법인의 무한책임사원* 1 또는 일정범위에 해당하는 과점주주* 2 는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 짐(국기법 제39조).
(나) 지방세법상 제2차납세의무
비상장법인의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 무한책임사원*¹ 또는 일정범위에 해당하는 과점주주*²는 부족액에 대하여 제2차납세의무를 짐(지법 제22조).
*주1 무한책임사원의 책임(국기통 4-2-12…39)
무한책임사원의 책임은 퇴사등기 후 2년 또는 해산등기 후 5년이 경과해야 소멸하므로 제2차납세의무를 지우기 위하여는 이 기간 내에 제2차납세의무자에 대한 납부통지를 해야 함. 이 경우는 퇴사등기 또는 해산등기를 하기 전에 그 법인의 납부의무가 성립한 것이어야 함.
*주2 과점주주 중 일정범위에 해당하는 자
① 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
② 명예회장ㆍ회장ㆍ사장ㆍ부사장ㆍ전무 등 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
③ 위 ①ㆍ②에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함) 및 그와 생계를 함께하는 자
(3) 제2차납세의무의 한도
무한책임사원은 징수부족한 금액에 대하여 인적무한책임을 지며, 과점주주는 소유주식수의 비율에 대하여만 책임을 짐.

나. 차입금 과다법인의 주식 등의 보유에 관련된 지급이자
(1) 지급이자 손금불산입액의 계산
(가) 손금불산입액의 계산
타인자본에 의존한 무리한 기업확장 등을 억제하기 위하여 법인의 자기자본에 대한 차입금 비율을 감안하여 업종별로 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다른 법인의 주식 등(특정주식 또는 출자지분 주식 또는 출자지분을 제외)을 보유하는 경우 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 일정한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니함(조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 함) 제135조).
① 손금불산입액

┌──────────────────────────────────┐
│                             Min[타법인주식 등의 가액, 차입금 -     │
│ 지급이자                         (자기자본×업종별 기준)]          │
│ 손금불산  = 지급이자  ×  ──────────────────── │
│ 입액                                    총  차  입  금             │
└──────────────────────────────────┘
※ 총차입금, 자기자본 및 자산가액은 적수로 계산하되, 타법인주식 등의 가액은 장부가액으로 함.
② 손금불산입대상 지급이자
“지급이자”란 차입금에 대한 이자로서 적용제외*¹가 아닌 한 모든 지급이자가 규제대상이 됨.
*주1 손금불산입대상에서 제외되는 지급이자
① 현재가치할인차금의 상각액과 연지급수입의 지급이자
② 보증사채의 발행시 금융기관에 지급한 지급보증수수료, 신용보증기금의 보증수수료
③ 연불매입가격에 포함되는 연불이자, D/A이자와 환가료
④ 받을어음(상업어음)에 대한 할인료
⑤ 운용리스조건에 의해 지급하는 리스료
⑥ 상호신용금고가 다수의 고객으로부터 예탁받은 차입금에 대한 이자
⑦ 금융기관의 수신자금에 대한 이자
⑧ 증권회사가 고객에게 지급한 고객예탁금이용료
(나) 차입금의 범위
‘차입금’의 범위는 법인세법시행령(이하 ‘법령’이라 함) 제53조 제4항을 준용하는 것으로 지급이자 및 할인료를 부담하는 모든 부채를 말함. 다만, 법인세법시행령 제53조 제4항에서 열거하는 금액은 차입금에서 제외함.
(다) 자기자본의 계산
‘자기자본’이라 함은 다음의 ①, ② 중 큰 금액을 말함.
① 당해 사업연도종료일 현재 B/S상 자산의 합계액 - (충당금 포함, 미지급법인세 제외) 부채의 합계액
② 당해 사업연도종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액 및 감자차익을 가산하고 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액으로 함.)
(라) 업종별 기준
① 소비성서비스업 : 자기자본의 1배
② 종합무역상사, 건설업, 해상운송업, 항공운송업 : 자기자본의 4배
③ 여신전문금융회사 : 자기자본의 15배
④ 위 외의 사업 : 자기자본의 2배
(마) 손금불산입액 계산시 제외되는 특정주식 또는 출자지분
기관투자자가 취득하는 주식 (기관투자자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 법인의 발행주식총수의 10%를 초과하여 소유하고 있는 법인이 발행한 주식을 제외함), 외국환거래법에 의한 해외직접투자에 의하여 취득하는 외국법인의 주식 등 기타법(조세특례제한법시행령(이하 ‘조특령’이라 함) 제129조)에 열거한 특정주식 또는 출자지분은 손금불산입액 계산시 제외됨.

다. 배당금 관련 세제
(1) 배당소득의 종류
배당소득이란 이익분배의 성격이 있는 소득으로서 당해연도에 발생한 다음의 소득을 말함.
(가) 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금과 건설이자의 배당
(나) 외국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금 등
(다) 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당 또는 분배금
(라) 법인세법에 의하여 배당으로 처분된 금액 (인정배당)
(마) 내국법인으로부터 받는 배당부투자신탁의 분배금
(바) 피투자회사의 잉여금의 자본전입(무상증자ㆍ주식배당)
(사) 피투자회사의 자본감소(퇴사ㆍ탈퇴)ㆍ해산ㆍ합병ㆍ분할
(2) 의제배당
배당은 아니지만 실적적으로 배당과 동일한 경제적 효과가 주주에게 귀속되는 경우에 배당소득으로 간주하는데 이를 의제배당이라 함(법인세법(이하 ‘법법’이라 함) 제16조).
(가) 의제배당의 종류
① 잉여금의 자본전입
법인의 잉여금을 자본전입(무상증자ㆍ주식배당)함으로써 취득하는 주식 등의 가액. 다만, 다음에 해당하는 금액을 자본전입하는 경우(의제배당재원이 아닌 무상주배정)를 제외함(법인세법 제16조 제1항 제2호).
㉮ 상법규정에 의한 자본준비금(합병평가차익 등 및 분할평가치익 등을 제외하며, 자기주식 또는 자기출자지분의 소각익의 경우에는 소각 당시의 시가가 취득가액을 초과하지 않는 경우로서 소각일부터 2년이 경과한 후 자본에 전입하는 것에 한함.)
㉯ 자산재평가법에 의한 재평가적립금(동법에 의한 재평가세율 3% 적용대상 토지의 재평가차액에 상당하는 금액을 제외함.)
※ 재평가적립금의 일부를 자본 또는 출자에 전입하는 경우에는 재평가세율 3% 적용분과 1% 적용분의 금액비율에 따라 각각 전입한 것으로 본다.
㉰ 자기주식을 보유한 상태에서 잉여금자본전입으로 인해 주주의 지분이 증가한 주식 등의 가액


    〈잉여금의 자본전입으로 인한 의제배당 여부〉
    ┌───────────────────────────────┬──────┐
    │                    자  본  전  입  의  재  원                │의제배당여부│
    ├─┬─────────────────────────────┼──────┤
    │자│①주식발행액면초과액                                      │     ×     │
    │본├─────┬───────────────────────┼──────┤
    │잉│②감자차익│일반적인 감자차익                             │     ×     │
    │여│          ├───────┬─────┬─────────┼──────┤
    │금│          │              │   2년후  │시가 ≤ 취득가액  │     ×     │
    │  │          │   자기주식   │ 자본전입 ├─────────┼──────┤
    │  │          │    소각익    │          │시가 > 취득가액  │     ○     │
    │  │          │              ├─────┴─────────┼──────┤
    │  │          │              │2년 이내에 자본전입           │     ○     │
    │  ├─────┼───────┴───────────────┼──────┤
    │  │③합병차익│일반적인 합병차익ㆍ분할차익                   │     ×     │
    │  ├─────┼───────────────────────┼──────┤
    │  │④분할차익│합병평가차익 등, 분할평가차익 등              │     ○     │
    │  ├─────┼───────────────────────┼──────┤
    │  │⑤재평가  │일반적인 재평가적립금(재평가세율 3%)         │     ×     │
    │  │  적립금  ├───────────────────────┼──────┤
    │  │          │익금에 산입되는 토지재평가차액(재평가세율 1%)│     ○     │
    │  ├─────┴───────────────────────┼──────┤
    │  │⑥기타자본잉여금(자기주식처분익)                          │     ○     │
    └─┴─────────────────────────────┴──────┘
② 주식의 소각, 자본의 감소, 사원의 퇴사, 탈퇴 또는 출자의 감소로 인한 대가를 받는 경우(법인세법 제16조 제1항 제1호)

┌────────────────────────────────────┐
│  의제배당 금액  =  금전 등으로 받는 기타  - 주식 등을 취득하기 위해    │
│                    재산가액의 합계액        소요된 가액                │
└────────────────────────────────────┘
③ 법인의 해산으로 인하여 해산한 법인의 주주 등이 받는 잔여재산을 분배받는 경우(법인세법 제16조 제1항 제4호)

┌────────────────────────────────────┐
│ 의제배당 금액 = 잔여재산의 분배로서 취득하는 - 주식 등을 취득하기 위해 │
│                 기타 재산가액의 합계액         소요된 가액             │
└────────────────────────────────────┘
④ 합병 및 분할에 따른 의제배당
㉮ 법인의 합병으로 인하여 소멸하는 법인의 주주 등이 대가를 받는 경우
합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주ㆍ사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 액의 합계액이 그 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요한 금액을 초과할 경우 그 초과액을 배당으로 보아 익금에 산입함(법인세법 제16조 제1항 제5호).
㉯ 법인의 분할로 인하여 분할되는 법인 등의 주주가 대가를 받는 경우
분할 또는 분할합병으로 인하여 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인으로부터 취득하는 분할대가 즉, 주식ㆍ금전(분할교부금) 기타 재산가액의 합계액이 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주식의 취득가액을 초과하는 경우 그 초과금액은 배당으로 보아 익금에 산입함(법인세법 제16조 제1항 제6호).
㉰ 합병ㆍ분할에 의하여 받은 대가
피합병법인(분할법인 등)의 주주가 합병법인(분할신설법인 등)으로부터 받는 대가 중 주식가액은 다음의 과세이연요건(법인세법 제44조 제1항 또는 법인세법 제46조 제1항)을 충족한 경우로서 주식 등의 취득당시의 법인세법 제52조의 규정에 의한 시가가 액면가액 또는 보다 큰 경우에 한하여 액면가액으로 평가하고 그 이외 자산의 경우에는 유상감자 등의 경우와 동일함(법인세법시행령 제14조 제1항).
㉠ 합병등기일 현재 1년(분할 5년) 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
㉡ 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총계액 중 주식 등의 가액이 95%(분할의 경우에는 100%) 이상일 것
(나) 의제배당의 시기(법인세법시행령 제13조)
① 잉여금 자본전입 등의 경우에는 자본전입 결정일
② 감자 등의 경우에는 감자 등 결의일, 퇴사ㆍ탈퇴한 날
③ 법인 해산의 경우에는 당해 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날
④ 법인 합병의 경우에는 당해 법인의 합병등기일
⑤ 법인 분할의 경우에는 당해 법인의 분할등기일
(3) 배당소득금액의 원천징수
(가) 원천징수제도
원천징수라 함은 소득을 지급하는 자가 그 소득을 지급할 때에 당해 소득을 지급받는 자의 세액을 징수하여 과세관청에 납부하는 제도를 말함.
(나) 원천징수대상소득 및 세율
① 법인 투자자 : 증권투자신탁수익의 분배금의 경우에만 15% 원천징수
② 개인 투자자 : 배당소득금액의 15%를 원천징수하며, 실지명의가 확인되지 아니하는 소득에 대하여는 36% 원천징수함. 다만, 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률규정에 의하여 90%세율이 적용되는 경우에는 그러하지 아니함.
(4) 배당소득에 대한 이중과세의 조정
(가) 배당지급법인
다음에 해당하는 내국법인이 배당가능이익의 90% 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제함.
① 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사
② 증권투자회사법에 의한 증권투자회사
③ 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사
(나) 배당수취주주
① 기관투자자의 배당소득금액의 익금불산입
기관투자자 등이 주권상장법인 및 협회등록법인으로부터 받은 수입배당금의 90%는 익금에 산입하지 않음. 다만, 기관투자자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 주권상장법인 또는 협회등록법인의 발행주식총수의 10%를 초과하여 주식을 소유하고 있는 법인 외의 법인으로부터 받은 배당소득금액에 대하여는 이 규정을 적용하지 않음(법인세법 제18조의 3, 법인세법시행령 제17조의 3).
② 일반법인의 배당소득에 대한 익금불산입
내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(의제배당금액 포함) 중 다음의 금액은 익금에 산입하지 아니함.

┌──────────────────────────────────┐
│   익금불산입액  = 수입배당금 × 익금불산입비율 - 지급이자차감액    │
└──────────────────────────────────┘
㉮ 익금불산입비율

┌───────────┬───────────┬────────┐
│   피투자법인의 종류  │ 투자법인의 지분비율* │ 익금불산입비율 │
├───────────┼───────────┼────────┤
│ 상장ㆍ협회등록법인   │ 30% 초과,  30% 이하│  50%,   30%  │
├───────────┼───────────┼────────┤
│비상장법인ㆍ비등록법인│ 50% 초과,  50% 이하│  50%,   30%  │
└───────────┴───────────┴────────┘
※ 지분비율은 피투자법인의 배당기준일 현재 3월 이상 계속하여 보유하고 있는 주식을 기준으로 함.
㉯ 지급이자차감액
배당소득을 지급받은 법인이 각 사업연도의 지급이자가 있는 경우에는 다음의 금액을 익금불산입금액에서 차감함.

┌─────────────────────────────────┐
│                                 익금불산입대상 주식의 세무상     │
│                                 장부가액적수 ×익금불산입비율    │
│지급이자 차감액 =  지급이자 × ───────────────── │
│                                       자 산 총 액 적 수          │
└─────────────────────────────────┘
※ 지급이자에는 손금불산입된 지급이자는 제외하며, 자산총액은 당해사업연도말 B/S상 자산총액에 의함.
㉰ 적용배제
㉠ 배당기준일 전 3월 이내에 취득한 주식 등을 소유함으로써 발생하는 수입배당금
㉡ 지주회사 및 기관투자자의 수입배당금으로서 익금불산입 특례규정을 적용받는 수입배당금액
㉢ 법인세법 상 소득공제를 적용받는 유동화전문회사 등
③ 지주회사의 배당소득에 대한 익금불산입특례
지주회사란 사업연도 종료일 현재 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 함)과 금융지주회사법에 의하여 설립이 허용된 내국법인으로서 주식이나 지분의 소유를 통하여 타회사를 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사를 말함(법인세법 제18조의 2 제1항, 법인세법시행령 제17조의 2 제1항). 이러한 지주회사가 내국법인 자회사로부터 받은 수입배당금액 중 다음의 금액은 익금에 산입하지 아니함.

┌───────────────────────────────────┐
│익금불산입액 = 수입배당금×익급불산입비율-제출자차감액-지급이자차감액 │
└───────────────────────────────────┘
㉮ 익금불산입비율

┌─────────┬──────────────┬────────┐
│   자회사의 종류  │  자회사에 대한 지분비율*   │ 익금불산입비율 │
├─────────┼──────────────┼────────┤
│상장ㆍ협회등록법인│100%                       │      100%     │
│(벤처기업 포함)   ├──────────────┼────────┤
│                  │40% 초과 100% 미만        │       90%     │
│                  ├──────────────┼────────┤
│                  │30%(20%*) 이상 40% 이하  │       60%     │
│                  │ * 벤처기업의 경우          │                │
├─────────┼──────────────┼────────┤
│비상장법인ㆍ비등록│100%                       │      100%     │
│법인              ├──────────────┼────────┤
│                  │80% 초과 100% 미만        │       90%     │
│                  ├──────────────┼────────┤
│                  │50% 이상 80% 이하         │       60%     │
└─────────┴──────────────┴────────┘
㉯ 재출자차감액
자회사가 계열회사에 출자하였거나 계열회사 외의 다른 내국법인에 1%를 초과하여 출자한 경우에는 다음의 금액을 익금불산입 대상금액에서 차감함(이 규정은 자회사별로 각각 적용함. 법인세법 제18조의 2 제1항).

┌───────────────────────────────────┐
│                         자회사가 타법인에 출자한 주식                │
│제출자  =  익금불산입    등의 세무상 장부가액 적수                    │
│차감액     대상금액   × ──────────────── (100% 한도)│
│                         지주회사가 자회사에 출자한 주식              │
│                         등의 세무상 장부가액 적수                    │
└───────────────────────────────────┘
다만, 다음의 경우에는 위의 규정에도 불구하고 재출자차감액을 계산하지 아니함.
㉠ 공정거래법에 의한 자회사가 공정거래위원회가 정하는 사업관련 손자회사에 출자한 경우
㉡ 금융지주회사법에 의한 자회사가 동법에 의해 손자회사에 출자하거나 자회사가 기관투자자에 해당하는 경우
㉰ 지급이자 차감액

┌──────────────────────────────────┐
│                                   익금불산입대상 주식의 세무상     │
│                                   장부가액적수 × 익급불산입비율   │
│ 지금이자차감액  =  지급이자  ×─────────────────  │
│                                         자 산 총 액 적 수          │
└──────────────────────────────────┘
  ※ 자회사의 타법인출자로 인한 익금불산입 차감액이 있는 경우에는 수정익금불
     산입률을 적용함.
┌──────────────────────────────────┐
│                          익금불산입대상금액 - 자회사의 타법인      │
│                          출자로 인한 익급불산입 차감액             │
│  수정익금불산입률  =  ────────────────────── │
│                          당해 자화사로부터 받은 수입배당금 전액    │
└──────────────────────────────────┘
㉱ 적용배제
㉠ 배당기준일 전 3월 이내에 취득한 주식 등을 소유함으로써 발생하는 수입배당금
㉡ 지주회사가 금융지주회사인 경우 금융업 또는 보험업 이외의 사업을 영위하는 내국법인 자회사로부터 받는 수입배당금액
㉢ 지주회사가 비금융지주회사인 경우 금융업 또는 보험업을 영위하는 내국법인 자회사로부터 받는 수입배당금액
※ 배당금을 지급받는 개인주주에게는 소득세법상 개인주주의 소득세산출세액에서 법인단계에서 과세된 법인세상당액을 공제해 주는 배당세액공제제도를 두고 있음.

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