「국세기본법」 제81조의10은 세무공무원이 세무조사과정에서 납세자의 장부 등을 임의로 보관할 수 없고(제1항), 납세자의 동의를 받아 일시 보관한 경우(제2항)에도 납세자가 반환을 요청한 경우 해당 장부 등을 반환하여야 한다(제4항)고 규정하고 있는데, 과세관청이 조사대상 납세자로부터 제출받아 보관한 것이 아닌 다른 방법으로 장부를 확보한 경우에도 위 조항들이 적용되는지 여부가 명확하게 규정되어 있지 않고, 처분청이 불상의 방법으로 확보한 쟁점장부를 청구인에게 반환하지 않는다는 이유만으로 이 사건 처분들이 당연 위법ㆍ취소되어야 한다고 단정하기 어려워 보이므로 쟁점장부를 반환받지 못하였음을 이유로 이 사건 처분들의 부당하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
청구법인은 장부 기타 증명서류가 천재지변(태풍)으로 모두 멸실되었다고 주장하나, 청구법인이 제출한 피해사실확인서에는 2018.10.6. 태풍으로 쟁점공장건물의 천정, 41평 규모의 건물, 3목의 조경수에 피해를 입은 사실이 확인되나 그러한 사실만으로 청구법인의 장부 및 기타 증명서류가 모두 멸실되었다고 보기에는 어려움
원천징수의무자인 회사가 근로자의 소득ㆍ세액공제 증빙자료 중 종이문서나 그 밖에 전자적 형태로 작성되지 아니한 문서를 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관한 경우에는「국세기본법」제85조의3 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 보는 것임
위법한 세무조사를 통한 파생자료를 근거로 부가가치세 등을 부과하였다고 하더라도, 적법절차의 원칙에 위반한 당연무효의 처분은 아님
이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 및 제81조의10 등이 정한 절차를 위반한 중대한 하자가 있으므로, 이 사건 세무조사 결과를 근거로 이루어진 이 사건 과세처분은 모두 취소하여야 함
증빙자료를 스캔하여 보관하고 있는 것은 전자문서 및 전자거래 기본법 상의 “전자화문서에 해당하며, 이 경우 국세기본법 제85조의3 제4항의 요건을 갖춰야 보관의무를 이행하였다고 할 수 있음
세무조사가 위법하다는 사정만으로 그 세무조사로 얻은 자료로 원고들에게 한 과세처분에 중대하고도 명백한 하자가 있다고 할 수 없음