이 건 처분이 이루어진 경위를 살펴보면 AAA세무서가 청구법인의 거래처인 BBB에 대하여 세무조사를 한 결과, BBB이 부가가치세 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 청구법인과 실물 거래 없이 세금계산서를 수수하였다고 보아 이를 가공거래로 확정하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 처분청이 제2차 세무조사를 실시하게 되었으므로, 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이뤄진 것으로 적법하다고 볼 수 있음
쟁점세무조사는 종전세무조사와 그 조사 목적과 조사대상 및 세목이 서로 다른 점 등을 종합하면, 쟁점세무조사의 대상이 종전세무조사의 대상과 과세기간이 같더라도 세목이 다르면 세법에서 규정에서 금지되는 재조사에 해당하지 않으므로 쟁점처분은 위법한 중복세무조사에 기하여 이루어진 것이 아님
이 사건 자료 제출 요청은 이 사건 사채의 발행이나 이 사건 신주인수권의 행사와 관련하여 세무조사를 실시하기 전에 사실관계 확인 차원에서 자료 협조를 요청한것으로 봄이 타당하며, 이를 재조사 금지의 전제가 되는 ‘세무조사’로 보기는 어려움. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’이어야 하므로, 이익 분여의 주체가 BB의 개인 주주들임을 전제로 하는 피고의 당심 주장은 이유 없음
처분청은 당초 조사기간 종료전인 2022.7.20.경 절차에 따라 「세무조사 기간 연장 통지서」에 연장 사유 등을 구체적으로 기재하여 청구인에게 통지한 점 등에 비추어, 처분청의 이 건 당초 세무조사 기간 및 조사기간 연장에 관하여 중대한 하자가 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단됨
국세기본법 제85조의3 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류를 영 제65조의7 및 국세청장이 정하는 방법에 따라 정보보존장치에 의하여 보존하는 일정 기준의 경우 실물을 보관하지 않을 수 있음
중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이므로, 설령 처분청이 청구법인에 납세자권리헌장을 교부하지 않았다하더라도 이러한 사유만으로 부가가치세 부과처분이 위법하다고 보기는 어려움
청구인 등을 대상으로 쟁점세무조사 이전에 실시한 쟁점외세무조사에서도 청구인 등은 청구인의 명의대여사실을 인정하는 취지로 확인서를 작성한 것으로 확인되는 반면, 청구인은 이 건 처분이 있은 후에야 쟁점사실확인서의 진실성을 부정하고 있어 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
납세자권리헌장은 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하여 국세청장이 제정하여 고시하는 것으로서, 일반세무조사 착수 시에 청구인에게 납세자권리헌장을 교부한 사실이 확인되므로, 조세범칙조사로 전환하면서 납세자권리헌장을 다시 한번 교부하지 않았다고 하여 납세자의 권리가 부당히 침해되었다고 보기 어려움
검찰의 고발의뢰에 따른 수사기록은 과세관청이 기존에 확보한 자료들에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 자료들로서, 이를 두고 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 새로 밝혀진 경우에 해당한다고 볼 수 없음