이 건 처분이 이루어진 경위를 살펴보면 AAA세무서가 청구법인의 거래처인 BBB에 대하여 세무조사를 한 결과, BBB이 부가가치세 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 청구법인과 실물 거래 없이 세금계산서를 수수하였다고 보아 이를 가공거래로 확정하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 처분청이 제2차 세무조사를 실시하게 되었으므로, 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이뤄진 것으로 적법하다고 볼 수 있음
쟁점세무조사는 종전세무조사와 그 조사 목적과 조사대상 및 세목이 서로 다른 점 등을 종합하면, 쟁점세무조사의 대상이 종전세무조사의 대상과 과세기간이 같더라도 세목이 다르면 세법에서 규정에서 금지되는 재조사에 해당하지 않으므로 쟁점처분은 위법한 중복세무조사에 기하여 이루어진 것이 아님
이 사건 자료 제출 요청은 이 사건 사채의 발행이나 이 사건 신주인수권의 행사와 관련하여 세무조사를 실시하기 전에 사실관계 확인 차원에서 자료 협조를 요청한것으로 봄이 타당하며, 이를 재조사 금지의 전제가 되는 ‘세무조사’로 보기는 어려움. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’이어야 하므로, 이익 분여의 주체가 BB의 개인 주주들임을 전제로 하는 피고의 당심 주장은 이유 없음
중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이므로, 설령 처분청이 청구법인에 납세자권리헌장을 교부하지 않았다하더라도 이러한 사유만으로 부가가치세 부과처분이 위법하다고 보기는 어려움
청구인 등을 대상으로 쟁점세무조사 이전에 실시한 쟁점외세무조사에서도 청구인 등은 청구인의 명의대여사실을 인정하는 취지로 확인서를 작성한 것으로 확인되는 반면, 청구인은 이 건 처분이 있은 후에야 쟁점사실확인서의 진실성을 부정하고 있어 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
납세자권리헌장은 납세자의 권리보호에 관한 사항을 포함하여 국세청장이 제정하여 고시하는 것으로서, 일반세무조사 착수 시에 청구인에게 납세자권리헌장을 교부한 사실이 확인되므로, 조세범칙조사로 전환하면서 납세자권리헌장을 다시 한번 교부하지 않았다고 하여 납세자의 권리가 부당히 침해되었다고 보기 어려움
검찰의 고발의뢰에 따른 수사기록은 과세관청이 기존에 확보한 자료들에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 자료들로서, 이를 두고 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 새로 밝혀진 경우에 해당한다고 볼 수 없음
당초 상속세 조사시 명의신탁 부동산의 증여 사실을 확인할 수 있는 이혼소송 조정결정문을 수집, 검토하였으며, 자녀들 명의의 쟁점부동산 일부를 상속재산으로 신고하여 당초 상속세 조사시 명의신탁 여부가 조사되었다고 볼 수 있으므로, 이 건 세무조사는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료에 대한 조사로서 국세기본법에서 금지하는 중복조사에 해당함
쟁점감사과정에서 실질적인 세무조사가 이루어졌다고 볼 수 없어 감사 이후에 이루어진 쟁점세무조사는 재조사가 금지되는 중복세무조사에 해당한다고 볼 수 없으므로, 쟁점처분은 위법한 중복세무조사에 기하여 이루어진 것이 아님
조사청은 청구법인들 회계담당 직원의 입회하에 당초 조사대상기간인 201ㅇ년ㆍ20ㅇㅇ년에 대한 ERP프로그램 자료를 조회하여 전자파일을 받았으며, 조사청이 내부정보자료에 의해 조사대상기간을 확대한 것에 문제가 있다고 보기 어려운 점, 조사청이 당초 세무조사 착수시 201ㅇ년ㆍ201ㅇ년 관련 전자파일을 청구법인들 컴퓨터 C·D드라이브에서 가져갔다는 주장을 청구법인들이 객관적인 증거를 통하여 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨